巨额财产来源不明罪，1979年的刑法中并没有这个罪名。1982年，全国人大法制委员会提出在《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定(草案)》中设定巨额财产来源不明罪。1988年全国人大常委会在《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》中对该罪名予以了确认，这是我国第一次在法律文件中提出这一罪名，是我国刑事立法的一个重要突破，为惩治腐败犯罪提供了法律依据。近年来，这个罪名在打击腐败分子、制止贪污行为上虽然发挥了一些作用，但是，由于其在犯罪主体、客体和法定刑等方面存在着一些不足，以及由于该罪在配套制度上的极度缺乏，使该罪在反腐现实中难以真正起到打击贪污、腐败犯罪的目的，反而成了许多贪腐案犯的逃生之门。
一、巨额财产来源不明罪的概念、构成及非法所得的计算
（一）巨额财产来源不明罪的概念
1988年，全国人大常委会在《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》中规定：“国家工作人员的财产或者支出明显超过合法收入，差额巨大的，可责令其说明来源。本人不能说明来源是合法的，差额部分以非法所得论。”
1997年，刑法修订时，将前述内容修改后纳入刑法第八章贪污贿赂犯罪，列为第395条：“国家工作人员的财产或者支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令说明来源。本人不能说明其来源是合法的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役，财产的差额部分予以追缴。”
2009年，全国人大常委会颁布了刑法修正案（七），对该罪进行了重新修正：“国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令该国家工作人员说明来源，不能说明来源的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。财产的差额部分予以追缴。”
（二）巨额财产来历不明罪的构成
1、犯罪客体：本罪的客体是国家工作人员的职务廉洁性。设立的目的是为了更好地打击贪污腐败行为，当国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入并且其贪污犯罪行为难以证实的情况下，把举证责任部分转移给嫌疑人。
2、客观方面：本罪的客观方面表现为行为人即国家工作人员明知自己的的财产、支出明显超过合法收入，且差额巨大，而其本人又不能说明其合法来源的行为。具体包括两方面的内容：首先，行为人的财产、支出明显超过合法收入而且差额巨大。这里所说的“财产”，是指行为人实际拥有的财产，包括现金、有价证券及其他动产和不动产等。“支出”，是指行为人已经支付或交付完毕的款物，包括赠与他人的款物。“合法收入”，是指行为人依法获得的财产，如工资、奖金、继承的遗产、接受馈赠、捐助等。其次，行为人不能说明其拥有的财产、支出与合法收入之间巨大差额的来源及其合法性。行为人不能说明其来源是合法的，包括拒不说明财产来源合法，；行为人无法说明财产的具体来源；行为人故意编造财产来源的合法途径，经调查予以否定的；行为人所说的财产来源因线索不具体等因素，致使司法机构无法查实，等等。差额部分的财产被推定为“非法所得”。
3、犯罪主体：本罪的主体是特殊主体，即国家工作人员。非国家工作人员不能成为犯罪主体。根据《刑法》第93条的规定，国家工作人员是指国家机关中从事公务的人员。国有公司、企业、事业单位、人民团体中从事公务的人员和国家机关、国有公司、企业、事业单位委派到非国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员，以及其他依照法律从事公务的人员，以国家工作人员论处。
4、主观方面。本罪在主观上是直接故意，即行为人明知财产不合法而故意占有，案发后又故意不说明财产的真正来源，或者有意编造财产来源的合法途径。
（三）非法所得的计算
“非法所得”，一般是指行为人的全部财产与能够认定的所有支出的总和减去能够证实的有真实来源的所得。在具体计算时，应注意以下问题：
1、应把国家工作人员个人财产和与其共同生活的家庭成员的财产、支㈩等一并计算，而且一并减去他们所有的合法收入以及确属与其共同生活的家庭成员个人的非法收入；
2、行为人所有的财产包括房产、交通工具、家具、生活用品、学习用品及股票、债券、存款等动产和不动产；行为人的支出应包括合法支出和不合法的支出，包括日常生活、工作、学习费用、罚款及向他人行贿的财物等；行为人的合法收入包括工资、奖金、稿酬、继承、赠与等法律和政策允许的各种收入；
3、为了便于计算犯罪数额，对于行为人的财产和合法收入，一般可以从行为人有比较确定的收入和财产时开始计算。
二、与贪污罪、受贿罪的比较
（一）巨额财产来源不明罪的立案标准高
巨额财产来源不明罪：根据最高人民检察院的规定，涉嫌巨额财产来源不明，数额在３０万元以上的，应予立案侦查。
贪污罪：根据最高人民检察院的规定，国家工作人员有下列情形之一的，应予立案侦查：
1、个人贪污数额在５千元以上的；
2、个人贪污数额不满５千元，但具有贪污救灾、抢险、防汛、防疫、优抚、扶贫、移民、救济款物及募捐款物、赃款赃物、罚没款物、暂扣款物，以及贪污手段恶劣、毁灭证据、转移赃物等情节的。
受贿罪：根据最高人民检察院的规定，国家工作人员有下列情形之一的，应予立案侦查：
1、个人受贿数额在５千元以上的；
2、个人受贿数额不满５千元，但具有下列情形之一的：
（1）因受贿行为而使国家或者社会利益遭受重大损失的；
（2）故意刁难、要挟有关单位、个人，造成恶劣影响的；
（3）强行索取财物的。
（二）巨额财产来源不明罪的处罚轻
1、对犯贪污罪的，根据情节轻重，分别依照下列规定处罚：
（1）个人贪污数额在十万元以上的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，可以并处没收财产；情节特别严重的，处死刑，并处没收财产。
（2）个人贪污数额在五万元以上不满十万元的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产；情节特别严重的，处无期徒刑，并处没收财产。
（3）个人贪污数额在五千元以上不满五万元的，处一年以上七年以下有期徒刑；情节严重的，处七年以上十年以下有期徒刑。个人贪污数额在五千元以上不满一万元，犯罪后有悔改表现、积极退赃的，可以减轻处罚或者免予刑事处罚，由其所在单位或者上级主管机关给予行政处分。
（4）个人贪污数额不满五千元，情节较重的，处二年以下有期徒刑或者拘役；情节较轻的，由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。
对多次贪污未经处理的，按照累计贪污数额处罚。
2、对犯受贿罪的，根据受贿所得数额及情节，依照前述贪污罪处罚方式的规定处罚。
3、对犯巨额财产来源不明罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。财产的差额部分予以追缴。
三、查处巨额财产来源不明罪的难点
（一）发现难
1、财产申报制度及配套制度不健全导致难以发现
我国虽有处级以上领导收入申报制度，但由于金融、房产、税收等配套制度的缺乏，使得所谓收入申报制度难以落到实处。比如，我国虽开始实施了存款实名制，但并不禁止公民在多家银行开设不同的账户，也对公民的现金存入未设立审查制度，那么，如果嫌疑人通过在不同的银行开设账户、存入现金来逃避监管，检查部门就难以发现嫌疑人保有的财产与合法收入差额巨大，也难以及时发现某个国家工作人员的收入违法。配套制度的缺失，使收入申报制度名存实亡。
另外，由于现行制度仅仅限制处级以上干部必须申报收入，而对于国家工作人员中最广大数量的处级以下干部却没有强制申报制度，在现实中，县乡两级的国家工作人员直接面对各个利益阶层，直接经手各种国家财产，很容易受到诱惑而涉嫌犯罪。
2、行贿及财产隐匿手段多样化致使难以发现拥有的财产
俗话说：道高一尺魔高一丈，随着反腐倡廉的力度不断加大，贪腐案嫌疑人的反侦查能力也越来越高，贪腐案的嫌疑人隐匿财产的手段也越来越多样化，比如：用亲友的名义收受款项、房屋。
3、现代社会公民隐私意识的增强致使难以发现嫌疑人的支出
进入现代社会，公民隐私意识逐渐增强，在与周围朋友、邻居等的交往过程中，财产信息、工作单位、收入状况等都成为了公民有意识保密的范畴，而反腐部门不可能也无权对每一个国家工作人员的财物支出进行监控，致使难以通过了解某个国家工作人员的支出情况而查获其犯罪线索。
（二）侦查程序启动难
刑事立案有严格的程序，立案时要求已经有具体犯罪事实的初步证据，否则，刑事侦查程序无法启动。而正是由于前述的发现难，国家工作人员即使涉嫌了巨额财产来源不明罪，侦查机关也无从得知。司法实践中，这个罪往往是伴随着官员的“双规”、被举报受贿案等而产生，基本上很少有国家工作人员单独因这个罪名而被立案侦查。
（三）查证难
随着社会的进步，公民财产也以多种形式体现，房屋、交通工具、存款、有价证券、贵金属、宝石等等，由于这些财产的表现形式不同，嫌疑人的藏匿自有财产的方式也多种多样，如果嫌疑人所占有财产的时间长、来源多、种类多，那么，对于查证这些财产来源线索的所消耗的人力、物力也是巨大的，甚至许多的线索根本无法查明。